La microbiota según la topografía gástrica en pacientes con bajo y con alto riesgo de cáncer gástrico en Nariño, Colombia / Microbiota according to gastric topography in patients with low or high risk of gastric cancer in Nariño, Colombia

Resumen Introducción. La inflamación del antro gástrico por Helicobacter pylori aumenta el riesgo de úlcera duodenal, y la del cuerpo gástrico puede producir gastritis atrófica e incrementar la probabilidad de cáncer gástrico. Estas reacciones inflamatorias diferenciadas según su localización, podrían explicarse por la composición de la microbiota gástrica asociada con H. pylori. Objetivo. Identificar y comparar la microbiota del antro y del cuerpo del estómago en individuos de dos poblaciones: una con alto riesgo y otra con bajo riesgo de cáncer gástrico en Nariño, Colombia. Materiales y métodos. Se incluyeron biopsias del cuerpo y el antro gástrico de pacientes con gastritis no atrófica o con gastritis atrófica y metaplasia. La microbiota se definió por secuenciación de la región V3-V4 del gen 16S del ARNr de H. pylori (illumina-MiSeq™). Las unidades taxonómicas operativas se clasificaron utilizando las bases de datos BLASTn y RDPII. Las diferencias entre las poblaciones microbianas del antro y del cuerpo gástrico se evaluaron mediante el análisis de varianza multivariado con base en permutaciones (Permutational Multivariate Analysis of Variance, PERMANOVA) y análisis multivariados. Resultados. La clase Epsilonproteobacteria representada por H. pylori fue más abundante en las biopsias del antro y del cuerpo de los individuos con gastritis no atrófica (>50 %), en tanto que, en los individuos con gastritis no atrófica, esta clase correspondió al 20 % con una mayor diversidad metagenómica. La infección por H. pylori disminuyó significativamente la diversidad metagenómica del antro (p=0,005), en comparación con la del cuerpo gástrico. Conclusiones. Los grupos bacterianos involucrados en la disbacteriosis pueden colonizar ambas regiones topográficas del estómago, independientemente de las reacciones sectorizadas de inflamación. La infección por H. pylori asociada con la microbiota gástrica está relacionada con su localización en el estómago, el tipo de lesión y el mayor o menor riesgo de cáncer gástrico, lo que sugiere su importancia en la disbacteriosis y la de esta en la enfermedad gástrica.

Abstract Introduction: Inflammation in the gastric antrum caused by Helicobacter pylori increases the risk of duodenal ulcer while inflammation in the body generates atrophic gastritis and increased risk of gastric cancer. These inflammatory responses according to gastric topography could be explained by the composition of the gastric microbiota associated with H. pylori. Objective: To identify and compare the microbiota of the gastric antrum and body of individuals from two populations, one with high risk and one with low risk of gastric cancer from Nariño, Colombia. Materials and methods: Biopsies of the gastric antrum and body of patients with non-atrophic gastritis or metaplastic atrophic gastritis were included. The microbiota was defined by sequencing the 16S rRNA gene, V3-V4 region, (illumina-MiSeq™). The operational taxonomic units were classified using the BLASTn and RDPII databases. The differences among microbial populations were evaluated with the PERMANOVA and multivariate analyses. Results: The Epsilonproteobacteria class represented by H. pylori was more abundant in the antrum and body biopsies of individuals with metaplastic atrophic gastritis (>50%) while in individuals with non-atrophic gastritis it was 20 % and had greater metagenomic diversity. Helicobacter pylori infection significantly decreases the metagenomic diversity of the gastric antrum (p=0.005) compared to that of the body. Conclusions: The bacterial groups involved in the dysbiosis can colonize both topographic regions of the stomach, regardless of the sectorized inflammation responses. Helicobacter pylori infection associated with the gastric microbiota is related to its localization in the stomach, the type of lesion, and the population at risk of gastric cancer, which suggests its importance in microbial dysbiosis and gastric disease.

Evaluación de dss métodos de extracción de adn partir de biopsias fijadas en forMalina y embebidas en parafina en condiciones no pttimas / Evaluation of Two Methods DNA Extraction from Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissues on Non-Optimal Conditions

Los tejidos de archivo son material de incalculable valor para estudios retrospectivos que requieran la aplicación de análisis moleculares. Existen múltiples métodos de extracción de ADN a partir de este tipo de muestras. No obstante, la mayoría de métodos toman mucho tiempo y los reactivos empleados contribuyen a la fragmentación del ADN. Con el objetivo de optimizar dos métodos de extracción de ADN a partir de tejidos embebidos en parafina en condiciones no óptimas, se seleccionaron 47 bloques en parafina que contenían biopsias de pleura, pulmón y pericardio correspondientes a 24 pacientes (66,6% hombres) mayores de 18 años, con inflamación granulomatosa crónica, remitidos al Departamento de Patología, Hospital Universitario del Valle entre 2002 y 2007. Se realizaron 10 cortes a cada muestra y se sometieron a dos métodos de extracción de ADN: 1. convencional y 2. QIAamp-DNA mini kit®. La eficiencia del ADN fue valorada por espectrofotometría y amplificación del gen GAPDH. La concentración de ADN de las muestras extraídas por el método convencional fue de 65,52 ng/µL ±11,47 (promedio ± EE) y la relación 260/280 varió entre 0,52 y 2,30. De las muestras extraídas por el método comercial, la concentración media de ADN fue 60,89 ng/µL ± 6,02, con una absorbancia que osciló entre 0 y 2,64. El ADN obtenido fue sometido a PCR, de 47 muestras extraídas por ambos métodos, 25 y 23 respectivamente amplificaron exitosamente el gen GAPDH. Los métodos usados para la obtención de ADN presentaron un desempeño similar, revelando así su potencial utilidad en estudios retrospectivos a partir de biopsias embebidas en parafina en condiciones inadecuadas.

Paraffin wax embedded tissues are an invaluable material for retrospective studies requiring the application of molecular analysis. Multiple methods are available to extract DNA from these kind of samples. However, the most common methods are slow and the reagents often contribute to the fragmentation of genetic material. In order to optimize the procedure, two methods for DNA extraction from paraffin embedded tissue non-optimal conditions were used. 47 blocks containing paraffin-embedded biopsies of pleura, lung and pericardium from 24 patients (66.6% males) older than 18 years, with biopsy proven chronic granulomatous inflammation referred to the Department of Pathology at University hospital of Valle between 2002 and 2007 were selected. Each sample was subjected to 10 cuts and was to two methods of DNA extraction: 1. conventional and 2. QIAamp-DNA mini kit®. The efficiency of the extracted DNA, was assessed by spectrophotometry and PCR amplification of a fragment of the housekeeping gene GAPDH. The concentration of DNA samples extracted by the conventional method was of 65.52 ng/µL ± 11.47 (mean ± SE) and the 260/280 absorbance ratio ranged between 0.52 and 2.30 the average concentration of DNA of the samples extracted by the commercial method was 60.89 ng/µL ± 6.02 (mean ± SE), with an absorbance that fluctuated between 0 and 2.64. The DNA obtained was amplified by PCR, of 47 samples extracted by both methods, 25 and 23 respectively the GAPDH gene amplified successfully. The methods used to obtain DNA showed similar performance, highlighting the potential utility of both extraction methods for the retrospective studies from paraffin embedded tissues in unsuitable conditions.

Bacilos ácido accoholresistentes en biopsias emebidasen parafina en casos de iinflamacióngranulomatosa crónica. / Detection of Acid-Fast Bacilli in Formalin-Fixed,Paraffin-Embedded Tissues of Patientswith Chronic Granulomatous Inflammation.

La detección de bacilos ácido alcohol resistentes (BAAR) en frotis resulta un aporte significativo al diagnóstico y tratamiento de individuos con inflamación granulomatosa crónica (IGC). Con el objetivo de evaluar la presencia de BAAR en diferentes tejidos de pa-cientes con IGC demostrada y comparar la frecuencia de los extendidos positivos para BAAR con el grado de formación de granulomas y necrosis, se diseño un estudio retrospectivo, en el que se seleccionaron 57 bloques embebidos en parafina que contenían biopsias de pleura, pulmón, pericardio, ganglio linfático y lóbulo cerebral, correspon-dientes a 30 pacientes (63,3% hombres), mayores de 18 años, con IGC demostrada y remitidos al departamento de patología del Hospital Universitario del Valle entre el 2002-2008. A cada muestra se le realizaron tres cortes y se sometieron a tinciones de H/E, Zielh Neelsen y Auramina. La detección de BAAR en frotis fue similar para ambas tinciones especiales en pacientes con IGC necrotizante, reflejando una excelente concordancia en el diagnóstico (kappa=0,89, IC95%(0,68-1,0)). Sin embargo, la tinción con Auramina fue superior a la tinción Ziehl Neelsen para la detección de BAAR en pacientes con IGC no necrotizante (kappa=0,65, IC95%(0,23-1,0)). No se encontraron diferencias signi-ficativas entre la presencia de BAAR y el tipo de inflamacion, sexo y localización anatómica comprometida. En general, fue buena la concordancia entre los métodos histológicos empleados. Además, se hizo evidente la importancia de implementar el uso de técnicas moleculares mínimamente afectadas por el escaso número de bacilos presentes en las muestras, que finalmente ayudan en el reconocimiento del microorganismo.

Detection of acid fast bacilli (AFB) in smears is a significant aid in diagnosis and treatment of individuals with chronic granulomatous inflammation (CGI). This study was designed in order to detect the presence of AFB in several tissues of patients with histologically proven CGI and to compare the frequency of AFB positive smears with the degree of granuloma formation and necrosis. We selected 57 formalin-fixed, paraffin embedded blocks containing specimens of pleura, lung, pericardium, lymph nodes and cerebral lobe, from 30 patients (63.3% males) older than 18 years, with biopsy proven CGI referred to the Pathology department at University Hospital of Valle del Cauca (Colombia),between 2002 and 2008.Each sample was cut into 3 sections, and stained using the H/E, Ziehl-Neelsen and Auramine staining. AFB smear detection was similar in both special staining procedures in individuals with necrotizing CGI, reflecting an excellent diagnostic agreement (kappa=0.89, IC 95% (0.68-1.0)). However, Auramine was superior to Ziehl-Neelsen staining for AFB detection among subjects with nonnecrotizing CGI (kappa=0.65, IC95% (0.23-1.00)). Non-significant differences were found between the presence of AFB and the degree of granuloma necrosis, gender, and specific anatomic location. In general, there was a good agreement between both histological methods employed. Additionally it is clear that implementation of molecular tests that are minimally influenced by scant numbers of bacilli in samples is necessary for a definite diagnosis.